应用于亲子鉴定的DNA遗传标记系统很多，按遗传方式可归纳分为4类：
1、常染色体上基因座或遗传标记，按孟德尔遗传规律传递；
2、线粒体DNA非编码区的多态性。按母系遗传方式传递，可以确定检验样品是否来自于同一母系，适用于那些父亲不能参加鉴定的母子间的单亲鉴定或同胞之间的或隔代或旁系亲缘鉴定，如再结合孟德尔遗传的遗传标记检验，可以正确确定样品间的亲缘关系；
3、Y-染色体上基因座或遗传标记。按父系遗传方式传递，可以确定样品是否来源于同一父系。适用于那些母亲不能参加鉴定的父子间的单亲鉴定或男性同胞之间或隔代或旁系的亲缘关系鉴定，如再结合按孟德尔遗传的遗传标记检验，可以正确确定样品间的亲缘关系；
4、X-染色体上基因座或遗传标记。由于遗传的定向性，它适合三联体的亲子鉴定或除父子关系外的其他单亲的亲缘鉴定。